借母溪自然保护区于2003年11月经省人民政府批准晋升为省级自然保护区。2008年1月14日，被国务院正式批准建立“湖南借母溪国家级自然保护区”，成为全省13个国家级自然保护区之一。2009年3月，根据怀编[2008]36号文件和怀编[2008]50号文件，正式设立“湖南借母溪国家级自然保护区管理局”，为县人民政府管理的副处级事业单位。内设5个副科级科(室)，即办公室、计划财务科、科研监测科、资源保护科和旅游管理科，全额事业编制30名；2 个副科级直属事业机构，即军大坪管理所、陈家溪管理所，全额事业编制20名。

湖南借母溪国家级自然保护区位于湖南省西北部，沅陵县境西北隅。东西长15.5公里,南北宽15公里,总面积13041公顷,占沅陵县总面积的2.7﹪,占全省总面积的0.62‰。其中核心区面积5705公顷，缓冲区面积2045公顷，实验区面积5291公顷。区内共有维管束植物2368种，其中属国家一级保护植物有珙桐、南方红豆杉、银杏和伯乐树4种； 二级19种。区内有脊椎动物242种，其中属国家一级保护动物有白颈长尾雉、林麝等，其中白颈长尾雉为湖南首次发现地，且数量在国内为最多；二级保护动物33种。湖南借母溪国家级自然保护区管理局的主要职责是：贯彻实施国家及省、市有关自然保护区野生动植物资源管理的法律、法规和方针、政策；研究制定适合本保护区的各项规章制度和管理措施；负责对区内野生动植物资源的科考、调研和管理工作；依法查处区内违反野生动植物资源管理政策、法规的各类案件；承办县人民政府和上级业务部门交办的其它事项。