湖南借母溪国家级自然保护区管理局目前下设办公室、计划财务科、资源保护科、科研监测科、旅游经营科5个副科级科室，其主要职责如下：

办公室

负责局机关日常工作和各科(室)及直属机构的协调工作；负责本单位文字综合、信息调研及会务工作；负责上传下达、公共关系、内务管理和后勤工作。负责本单位人事、政工和安全保卫等工作。

计划财务科

负责本单位财务预决算工作；负责项目资金管理、日常财务管理及固定资产登记管理工作。

资源保护科

负责自然保护区野生动植物的保护管理工作；宣传贯彻自然保护区管理的有关方针、政策和法律、法规，拟订保护管理制度和措施；协调和督促查处自然保护区内违反野生动植物资源管理政策、法规的各类案件；组织协调、指导监督自然保护内森林防火、巡山护林工作；监督、检查、指导各管理所工作；负责区内森林病虫害防治检疫工作；负责保护区内周边社区各方面的组织协调、宏观协调及日常事务。

科研监测科

负责自然保护区的科研和监测工作；负责编制保护区科研与科学技术普及教育计划，确定科研课题并组织开展保护区内各项科研活动；开展常规性科研监测和专题性科研监测，为自然保护区有效保护提供科学依据；负责对管理人员进行职业技术培训等工作。

旅游经营科

编制自然保护区的生态旅游、景点、旅游线路及多种经营等项目的总体规划与年度计划，并组织实施；监督、管理、指导保护区旅游资源的开发利用等工作。