根据上述职责，县交通运输局设9个内设机构。

(一)办公室

组织协调局机关的日常工作;起草重要报告和综合性文件，负责有关重要会议的组织协调工作;负责值班、文秘、综合调研、政务公开、政务信息、督办、机要、保密、信访、档案、接待、修史编志、新闻报道、报刊订发和机关后勤行政管理工作;负责交通系统计算机网络管理;承办人大代表建议、政协委员提案;归口管理局机关后勤、接待工作，负责局机关及指导全系统社会治安综合治理、安全、保卫工作;承办局领导交办的其他事项。

(二)人事股

负责局机关干部职工人事、劳动工资、机构编制管理等工作;按照规定管理直属单位领导干部及直属单位的人事、劳动工资、机构编制、养老保险和医疗保险、交通行业技术工种职业技能鉴定、等级考核、干部职工教育培训管理、计划生育等工作;协助有关部门组织、指导交通专业技术职务评审和智力引进工作;负责指导交通系统成人教育、职业技术教育和离退休人员管理、继续教育工作;负责局机关及直属单位出国(境)人员的政审工作;承办局领导交办的其他事项。

(三)计划统计股

负责组织拟订全县公路、水路综合交通运输发展战略和政策，协调组织编写全县综合交通运输体系规划;组织拟订全县公路、水路交通运输行业中长期发展规划和年度计划，负责交通行业统计;负责管理和监督全县公路、水路建设市场，维护平等竞争秩序，组织实施公路、水路交通运输基础设施建设行业政策和技术标准;负责公路、水路交通建设、自然灾害恢复项目、公路大中修项目、安保工程项目前期工作的审查、审批、报批、后期评估工作和项目竣工验收工作;负责对公路、水路交通建设工程招投标实施管理和监督;协助上级交通主管部门实施国家、省级公路(包括汽车站场)、干线航道(包括港口码头等)工程项目建设；负责公路、水路交通基础设施建设的质量管理；监督管理公路、水路交通建设和定额、造价控制等有关工作;承办局领导交办的其他事项。

(四)安全监督股

负责指导全县交通专业运输企业和水上交通安全监督管理工作;对实施的道路运输、水路运输、公路水路工程建设和已运营交通基础设施等安全生产进行监督管理;负责指导全县交通安全隐患的排查;依法组织或参与水上交通安全事故和交通系统重大事故的调查处理工作;指导交通直属单位的消防工作，组织拟订并监督实施公路、水路安全生产应急预案，指导应急处置体系建设工作;承办局领导交办的其他工作。

(五) 运输监督管理股(加挂路政监督管理股牌子)

负责全县公路、水路客货运输(包括旅游运输、大件和危险物品运输等)及站场、港口、码头、车船修造、搬运装卸、运输服务市场的行业管理；负责制定交通运输有关政策、规定的实施办法并监督实施；负责编制运输线路、运力、站场、港口、码头的布局和宏观调控规划；负责运输市场的运输质量、经营资格和经营行为的监督管理，负责运输线路、营运车辆(船舶)、运输站场(码头)等管理工作；监督管理运输经营(包括客运、货运)和运输相关业务经营(包括运输站场、运输服务、车船维修、机动车驾驶员培训)；负责指导航道行政和港口行政管理；负责港口及港航设施建设使用岸线布局的行业管理；负责城市公共客运管理，拟订地方性政策和标准并监督实施；指导全县汽车综合性能检测、汽车(含摩托车)驾驶学校和驾驶员培训的行业管理；指导全县交通运输行业节能减排工作，执行机动车报废政策、标准；组织实施重点物资运输和紧急客货运运输；负责公路路政的业务管理，负责公路、水路治理“三乱”工作，负责组织开展超限运输车辆行驶公路的管理等工作；负责所管公路挖掘、占(利)用、设立非公路标志牌、开设平交道口等涉路行为的监管；负责查处侵占公路用地、破坏公路设施等违法、违规、违章行为，依法维护公路产权；负责全县公路养护管理；负责所管养公路两侧建筑控制区的管理，依法清除控制区的违章建筑；负责做好所管养公路、桥梁的战备规划和实施工作，确保公路畅通；承办局领导交办的其他事项。

(六) 行政审批服务股(加挂政策法规股牌子)

负责交通法制宣传、行政复议和执法监督工作；承办相关的行政诉讼工作；负责本部门所有行政审批事项的统一受理、登记、申报资料初审及办结事项的缴费、制证(文)、盖章、发证(文)等服务工作，牵头协调需送其它股室审核，或需经局集体研究的行政审批事项，督促相关股室在承诺期限内完成相关审核工作；承办本部门组织或参与其他部门组织的并联审批，并按权限签署审查意见；指导交通行业精神文明建设、执法队伍建设；负责依法行政考核评议、行政检查方案制定和监督实施工作；负责交通系统各行业燃油补贴的审核和申报；承办局领导交办的其他事项。

(七)财务会计股

负责局机关和指导、监督全县交通行业的财务会计工作；

负责交通国有资产和交通投、融资的管理；负责交通建设项目资金的请款、拨付；负责交通行政事业性收费审查报批和交通基础设施产权转让的审查报批；负责局机关和直属单位控购的审查报批；负责本系统的内部审计工作；承办局领导交办的其他事项。

(八)交通战备办公室

负责宣传、贯彻执行国家国防交通工作和国家公路路政管理的方针、政策和法律、法规，编制县交通战备规划和战时交通运输预案；负责拟订全县国防交通保障中长远规划和年度计划并组织实施，为全县的军事行动和其他紧急任务组织提供交通运输保障；负责县域国防交通的工程管理和国防运力的动员组织工作；指导、检查、监督全县的国防交通工作，协调处理有关问题；承办局领导交办的其他事项。

(九)农村公路建设管理办公室

负责贯彻执行农村公路建设相关政策、制度和技术标准并监督实施；参与编制全县农村公路发展规划，制定农村公路建设年度计划；负责全县农村公路建设项目的组织实施；负责全县农村公路信息综合，并开展相关宣传、经验交流和技术培训工作；承办局领导交办的其他事项。

局党组负责机关和局属单位的党建工作，工会、 纪检(监察)机构按有关规定设置。